INTERSOS è intervenuta nella crisi attivita' intersossudanese nei primi mesi del 2004, allestendo e gestendo in collaborazione con l’Alto Commissariato per i Rifugiati delle Nazioni Unite (UNHCR) i campi rifugiati di Kou Kou Angarana e Goz Beida in Chad, al confine con il Darfur, che oggi ospitano in totale più di 45.000 sfollati. Nel corso del 2004 si è deciso di intervenire anche nel territorio sudanese. Dall’inizio del 2004 l’intervento è stato esteso al territorio sudanese, nella regione del  Darfur Occidentale , per portare aiuto agli sfollati: sempre in collaborazione on UNHCR e altre agenzie delle Nazioni Unite sono state aperte 5 basi operative che aiutano circa 300.000 persone. I settori di intervento sono educazione, promozione dell’igiene, acqua, servizi alla comunità, monitoraggio del ritorno dei rifugiati, sicurezza alimentare, ambiente, distribuzione di beni essenziali e attività generatrici di reddito. L’obiettivo delle operazioni è quello di facilitare il ritorno dei rifugiati nelle loro aree di origine dopo il conflitto del 2004. Prioritaria è stata l’assistenza nelle aree rurali e le attività di rafforzamento e coinvolgimento delle popolazioni sfollate. INTERSOS ha lavorato mettendo al attivita' intersoscentro la ‘comunità’: fin dall’inizio la popolazione è stata coinvolta direttamente nel processo di riabilitazione per accrescere il suo senso di appartenenza nei confronti dei progetti promossi. Sono stati organizzato centri per le donne, i giovani e i bambini, con l’obiettivo di ricostruire e rinnovare le reti sociali distrutte dalla crisi umanitaria. I centri sono stati pensati per offrire educazione primaria e formazione professionale, promuovendo attività che ricreassero condizioni lavorative di base. I centri sono progressivamente diventati i luoghi ideali in cui impegnarsi in un scambio con le diverse comunità, agricole e di pastori. Ci siamo impegnati in un aperto dialogo con i leader delle comunità tradizionali, le autorità locali e i diretti beneficiari dei progetti. Questo approccio dal basso ha assicurato un’equa distribuzione degli aiuti e ha bilanciato la distribuzione degli interventi tra le diverse comunità delle aree rurali del Darfur Occidentale.
Nel 2005 INTERSOS ha esteso il suo intervento anche alle regioni del Sud Sudan. Dopoattivita' intersos la fine di una guerra ventennale che aveva distrutto completamente il territorio e provocato la fuga di un’intera generazione, i rifugiati sud sudanesi iniziavano a tornare a casa dai campi profughi nei paesi confinanti, soprattutto Kenya e Uganda. In coordinamento con UNHCR, abbiamo aperto una base nella regione del Jonglei, a Bor, il centro più colpito dalla guerra del Sud Sudan. Le attività portate avanti comprendono la riabilitazione e la costruzione di strutture scolastiche, la formazione nel campo dell’agricoltura, la distribuzione di semi e attrezzi agricoli e l’assistenza ai rifugiati congolesi nella regione del Westrn Equatoria. La protezione, la distribuzione di cibo e acqua ai rifugiati in fuga dalle violenze del LRA, Lord Resistance Army (Esercito di Resistenza del Signore) è realizzata nei campi profughi di Ezo e Makpandu.