Data la loro ampiezza, gli interventi umanitari richiedono normalmente ingenti risorse finanziarie che solo i governi e le organizzazioni internazionali multilaterali riescono ad assicurare in breve tempo. È tuttavia una costante preoccupazione di INTERSOS mantenere la propria piena indipendenza ed autonomia nelle scelte strategiche e operative. È attenta quindi a diversificare le risorse finanziarie necessarie alla realizzazione degli interventi umanitari. Tra i donatori internazionali viene data priorità a quelli con profilo più neutrale.

Una parte delle risorse impiegate proviene dai propri soci sostenitori e da donazioni di singole persone, associazioni, organizzazioni sociali, gruppi di solidarietà, imprese. La maggior parte dei fondi sono tuttavia pubblici: Unione Europea, Governo italiano e altri Governi dei paesi industrializzati, FAO, OCHA, UNDP, UNHCR, UNICEF, UNMAS, UNOPS, WFP, WHO, Regioni, Province e Comuni italiani. Assidue sostenitrici di INTERSOS sono le Confederazioni sindacali italiane. Il bilancio economico, che ammonta annualmente a circa 15 milioni di euro, è certificato da una primaria società di revisione.